לעומת זאת בזמנים שמפשחת מדיצ’י הובסה ולא עמדה בשלטון העיר היחס ליהודים לא היה אוהד וכלל. דוגמאות לכך הן בין היתר החובה על נשיאת תלאי צהוב על בגדיהם (במאה ה-15, עוד הרבה לפני מלחמת העולם השניה), הנחיות לקוד לבוש מוגדר שיזהה אותם כיהודים ויפריד אותם מהנוצרים, איסורים על עבודה במקצועות חופשיים, ריכוז היהודים בגטו (מונח הגטו נולד במאה ה-16 עם הגטו הונציאני ובהמשך הגטו היהודי ברומא), החרמה ושריפת ספרי תלמוד ולעתים אף גירוש מהעיר. שלטונה של משפחת מדיצ’י הגיע במספר תקופות, וכך היהודים חוו תקופות של עליות ומורדות במשך השנים.
הגטו היהודי בפירנצה בשנת 1882 (צילום מתוך הספר Piero Bargellini, Com’era Firenze 100 anni fa)
בסוף המאה ה-18 הוחלט על ידי מועצת העיר על פינוי הגטו היהודי לטובת בנייה באזור והיום ניצבת שם כיכר הרפובליקה. יהודי העיר שעד אז התגוררו במרוכז נפוצו למקומות שונים בעיר. דבר זה הוביל לתוכניות הקמה של בית כנסת חדש ולידו מבני קהילה נוספים, וכך נבנה בית הכנסת הגדול.
עם הקמת ממשלת הבובות של מוסיליני בסאלו (שנמצאת באגם גארדה בצפון איטליה) יצאה הנחיה לאסור ולשלוח את יהודי איטליה למחנות ההשמדה הנאציים. רוב יהודי איטליה שנרצחו בשואה הגיעו דווקא מצפון המדינה, וכך בפירנצה מצב החללים היה קטן יחסית לשאר המדינה (כ-250 מיהודי פירנצה נשלחו ורובם נספו לעומת 7,680 נספים מאיטליה כולה) ורובם לא נשלחו להשמדה אם כי חוו השפלות ותנאי חיים קשים. עם נצחון בעלות הברית ושחרור איטליה עזבו חלק מיהודי העיר את פירנצה ועלו לארץ.
למרות היסטוריה קשה זו, כיום הקהילה בעיר היא כאמור אחת מהגדולות במדינה, מונה כ-1,200 איש (הקהילה הגדולה ביותר בעיר התקיימה בשנת 1900 עם 3,000 יהודים) ומספקת שירותי דת לכל מחוז טוסקנה. יהודי פירנצה דוברים ניב איטלקי מקומי ייחודי להם ולמרות שכיום יהודי הקהילה פזורים בכל העיר, האבן השואבת לקהילה הוא בית הכנסת הגדול (עליו כתבנו בהרחבה בעמוד משלו).
למרות ההיסטוריה הארוכה של היהודים בעיר, ליהודים המבקרים בעיר אין הרבה מה לראות מבחינת תרבות יהודית, בניגוד לדוגמא לרומא שמציעה את הרובע היהודי, שער טיטוס ומגוון מסעדות מאפיות ואפילו בתי קפה כשרים. העניין היהודי המרכזי הוא בית הכנסת והמוסדות הסובבים אותו, שכולם נמצאים ממש לידו.
פסיפס מגן דוד ברצפת בית הכנסת הגדול בפירנצה (צילום מערכת האתר)
