1. החבילות הסדירות של הדקה ה-90 הן לא תמיד הזולות ביותר. היתרון הגדול שלהם הוא בעיקר בהזמנות של הרגע האחרון.
2. הזמנת בית מלון בנפרד יכולה להיות זולה יותר אם מזמינים באתרים בין לאומים כמו Venra או booking, אך אז לא זוכים למענה בעברית כפי שהדקה ה-90 מספקים.
3. ישנן תלונות על השירות ועל המענה (חשוב לדעת – Ynet טורס והדקה ה-90 זו אותו חברה עם שם שונה) של חלק מהלקוחות (כתבה לדוגמה).
4. במהלך התקופה האחרונוה היו לדקה התשעים מספר בעיות "תשלומים" וקרה אף מקרה הייתה הדקה התשעים זקוקה לחברת גוליבר על מנת להמשיך ולקנות טיסות עבר לקוחותיה.