ניתן להגיע מפראג לגנים הבוטניים של פראג באמצעות רכב שכור או תחבורה ציבורית.
ניתן להזמין רכב שכור בפראג בלינק זה או בלינק זה. מומלץ למי שמתכנן לשכור רכב לא רק להגעה לגנים הבוטניים של פראג, אלא לטיול ארוך או רחב יותר באזור. מומלץ לנסוע דרך Trojská, נסיעה זו אורכת כרבע שעה.
ניתן להגיע גם באמצעות אוטובוס. קו 112 יוצא מתחנת המטרו Nádraží Holešovice עד לתחנת ZOO או Botanická zahrada Troja ואז ממשיכים לפי השילוט, 3 דקות הליכה.
קווים 102 או 144 יוצאים מתחנת המטרו Kobylisy subway עד לתחנת Na Pazderce. להשוואת מחירים לנסיעה בתחבורה ציבורית אפשר להיכנס לאתר זה שאמנם לא מאפשר השוואה אך ניתן להזמין דרכו נסיעה.