בסאן סבסטיאן ישנם כ-120 מלונות ובתי אירוח מסוגים שונים. זו אינה כמות גדולה אך היא מאפשרת למרבית המבקרים בעיר למצוא את המלון המתאים להם.
במרכז העיר (Centro – אזור החוף והעיר העתיקה) יש הרבה מלונות יוקרה (למשל Hotel Maria Cristina San Sebastian המומלץ), לצד מלונות זולים בני כוכב אחד או שניים (למשל Pension Aida).
למגיעים עם רכב, כאשר סאן סבסטיאן היא רק תחנה בטיול בצפון ספרד, מומלץ להימנע מהזמנה של מלון בתוך הסנטרו של סאן סבסטיאן. עדיף ללון בפריפריה של העיר (במלונות כמו מלון ווילה סורו (Villa Soro) או מלון לאקו אדר (Hotel Leku Eder) שמספקים חניה בחינם). או לחילופין ללון מחוץ לעיירה באזורים הסמוכים (למשל לאסארטה, ארנטריה ולזו שנמצאים ברדיוס של 7 ק”מ).
באופן כללי, כדאי מאוד לבדוק בכל מלון האם הוא כולל חניה, והאם הוא נמצא ליד תחנת אוטובוס.
המע”מ על מחיר המלונות בעיר עומד על 10% (מחיר סביר יחסית בכל האמור למלונות בספרד). שלא כמו בערים הגדולות (למשל ברצלונה, ראה מלונות בברצלונה), בסאן סבסטיאן אין צורך בתשלום של מס עירוני על מלונות.