היתרון הגדול ב Skyscanner הוא החיפוש הגמיש. ניתן לחפש לפי חודש, לפי טווח תאריכים, ולפי התאריך הזול ביותר. בתחומים הללו המנוע של Skyscanner נמצא בחזית. הוא מאפשר חיפוש לפי החודש הזול ביותר (Cheapest Month) ביעד מסויים, ומהי האופציה הזולה ביותר בכל חודש (Whole Month). אופציות חיפוש אלו הופכות את סקייסקנר למנוע חיפוש מעולה למי שגמיש בתאריכי הטיסה ויכול לחפש טיסה לפי התאריך הזול ביותר.
כאשר בוחרים בחיפוש גמיש, לפי חודש, התוצאות מוצגות בלוח השנה (או בגרף, לבחירתכם) והמחירים מוצגים בצבעים לפי דרגת המחיר. ירוק – המחיר הזול ביותר. כתום – דרגת מחיר בינונית. אדום – המחיר הגבוה ביותר. מה שמאפשר לגולש במבט בודד לקבל תמונת מצב כללית.
עוד יתרון חשוב בסקייסקנר הוא האפשרות לייצר התראות, כך שברגע שתעלה אופציה אטרקטיבית לטיסה שחיפשתם – תקבלו על כך התראה מסודרת במייל.
חשוב להדגיש כי לא כל הטיסות נמצאות במנוע זה, בסיום ההזמנה לא ניתן טיפול נוסף וקשה מאוד להעריך את המחיר הסופי של ההזמנה כאשר מדובר בטיסות לואו קוסט. בדיוק בגלל חסרונות אלו אנו ממליצים לשלב את השימוש במנוע זה לצד שימוש והזמנה במנוע Kiwi.
האתר מאפשר גם השוואת מלונות והשכרת רכב, אך גם פה הוא עדיין לוקה בחסר.
חשוב להגיד כי מנוע החיפוש של סקייסקנר הינו מנוע חיפוש בינלאומי, ולכן אינו דומה למערכת ההזמנות של סוכנויות קטנות כמו מונה טורס או גדולות כמו גוליבר (ראו גם הנחות לגוליבר). אפשר למצוא שם טיסות מכל הסוגים: טיסות ישירות של חברות כמו אל על או איבריה וטיסות לואו קוסט של חברות כמו וויז אייר וריינאייר.
