אומנם המרכז התיירותי של אילת נמצא בחוף הצפוני בו נמצאים הטיילת, המסעדות והקניונים הרבים, אבל אחד הדברים המייחדים את אילת הוא החופים הדרומיים שלה ואתרי הצלילה הרבים בהם. מפרץ אילת הוא שונית האלמוגים הצפונית ביותר על כדור הארץ, וככזו היא מושכת אליה חובבי צלילה רבים. נשאלת השאלה היכן כדאי למי שמגיע לאילת לטובת צלילה ללון? ניתן לומר שיש 3 פתרונות לינה עיקריים העונים על שאלה זו – מלון בחוף הדרומי, דירה והוסטל.
לינה באחד מהמלונות באזור החוף הדרומי תהיה הנוחה ביותר מבחינת הנגישות לחופים ולמרבית אתרי ומועדוני הצלילה. החסרונות במלונות באזור זה הם עלות השהות היקרה (במיוחד כאשר מדובר על קורס צלילה שנמשך שבוע) והמרחק מהעיר עצמה. במידה ותרצו להגיע לטיילת או לאחד הקניונים למשל תיאלצו לסוע כמה דקות, גם היצע המסעדות באזור זה לא רחב במיוחד ויש לקחת זאת בחשבון. לכן, לינה במלון בחוף הדרומי מתאימה בעיקר למי שמוכן להוצאה משמעותית בעבור הלינה ומגיע לאילת עם רכב או מתכנן לשכור רכב בעיר. אמנם אין מלונות רבים באזור זה, אך ניתן למצוא מספר מלונות מומלצים ברמת ארבעה וחמישה כוכבים ליד החופים המציעים חדרים מרווחים, בריכות, היצע רחב של מתקני ספא ועוד, מלון יו קורל ביץ’ קלאב לדוגמה מציע חווית אירוח מגוונת של הכל כלול. למי שמעוניין לשהות במלון וליהנות מכל מה שכרוך בכך אך להוציא פחות כסף יכול לשהות במלון קלאב אין, שהינו מלון שלושה כוכבים.
אפשרות זולה יותר היא דירה בעיר עצמה. ברשימת הדירות המומלצות לחופשת צלילה מטה בחרנו דירות אשר נמצאות באזור הקרוב ביותר לחוף הדרומי – כך שההגעה מהן אל החופים נוחה מאוד, בעיקר למי שמגיע לאילת עם רכב. החיסרון בלינה בדירה הוא הצורך לדאוג באופן עצמאי לאוכל, בין אם במסעדות (מה שהופך את החופשה ליקרה יותר) ובין אם להכין בעצמכם את האוכל (מה שגוזל זמן). הלינה בדירה מתאימה למי שרוצה לחסוך בעלות הלינה אבל לא מעוניין ללון בהוסטל ומתכנן להתנייד עם רכב בעיר.
לינה בהוסטל או בתי הארחה תהיה לרוב האפשרות הזולה ביותר, במיוחד אם בוחרים בלינה משותפת עם אורחים נוספים. היתרון הוא כמובן המחיר הזול, אך יש גם חסרונות. המתקנים בהוסטלים ברמה נמוכה יותר מאשר אילו המוצעים במלונות הגדולים, וגם אם תבחרו בחדר פרטי ישנם חללים ציבוריים משותפים – בין אם מטבח, בריכה או חדרי רחצה. הלינה בהוסטל או בית הארחה מתאימה במיוחד למי שמגיע למספר ימים ומחפש מקום לינה זול ככל הניתן בחופשה שהיא יקרה מטבעה וחלוקת החללים (בין אם הציבוריים או הפרטיים) עם אורחים נוספים מקובלת עליו.
פרמטר נוסף שכדאי לקחת בחשבון הוא שחלק ממקומות הלינה כוללים גם מועדון צלילה בו ניתן לשכור ציוד צלילה או לעבור קורסים והכשרות צלילה שונות. כך למשל מועדון הצלילה מנטה שייך לרשת ישרוטל ונמצא במלון ישרוטל ים סוף ויש מספר הוסטלים להם מועדון צלילה – אחלה פלוס, אקסודוס ופלמה. בניגוד לישרוטל ים סוף ההוסטלים עם מועדוני הצלילה נמצאים בעיר עצמה ולא בחוף הדרומי.