ציור הסעודה האחרונה, שימו לב אל פתח הדלת שפערו בו מתחת לדמות ישו, באמצע המאה ה-17
(צילום: www.haltadefinizione.com, ברשות הציבור)
בשל העובדה שהציור נמצא על קיר חיצוני שחשוף יותר ללחות ובשל הטכניקה שבה בוצע (זהו אינו ציור פרסקו, שמחזיק מעמד לזמן רב יותר מציורי קיר אחרים), כבר 18 שנה לאחר השלמתו הוא החל להתפורר. תיקונים ושחזורים רבים מספור נעשו לאורך השנים הארוכות, רבים מהם לאור התנגדויות חריפות ודעת קהל שלילית. הציור אותו ניתן לראות היום הוא ברובו שחזור, וחלקו התחתון הכולל את רגליו של ישו הוסרו ממנו כאשר פרצו דלת בקיר המבנה באמצע המאה ה-17 (כאשר התמונה היתה מטושטשת מאוד ולא ברורה, לפני השחזורים).
לא בכדי ציור הקיר המפורסם בעולם מושך תיאוריות קונפירציה הזויות ושונות, שפרוט שלהן תוכלו למצוא בקלות במרחבי הרשת. הוא צוין בספר רב המכר ״צופן דה וינצ׳י״ של דן בראון, שם נטען כי הדמות שיושבת מימין לישו אינה יוחנן המטביל כי אם מריה מגדלנה שלטענת הקונספירציות היתה אשתו של ישו ואם בתו.